
Delta Dunarii este un adevarat paradis faunistic. Aici vietuieste 98% din fauna acvatica europeana, întreaga fauna de odonate, de lepidoptere acvatice si de moluste gasteropode de Europa si tot aici îsi gasesc refugiul mamifere rare cum sunt Mustela lutreola, Lutra lutra si Felis silvestris. Vertebratele care, prin prezenta lor, dau nota specifica faunei deltei. Amfibienii sunt reprezentati prin 2 specii de caudate si 6 specii de anure, iar reptilele prin 8 specii, majoritatea serpi (4 specii).
Pestii sunt prezenti prin 65 specii, cei mai multi de apa dulce (60%), restul migrând primavara din Marea Neagra. Intre acestia din urma, sturionii si scrumbiile au rol important, atât stiintific, cât si economic.
Pasarile sunt cele care au creat faima deltei, cunoscuta, înca de la începutul secolului ca un paradis avian. Renumele se datoreaza celor 327 specii pe care le putem întâlni în delta si care reprezinta 81% din avifauna României. Dintre acestea cuibaresc 218 specii, restul de 109 specii trecând prin delta si ramânând diferite perioade de timp toamna, iarna si primavara. Pasarile acvatice sunt cele mai numeroase : cuibarersc 81 specii si trec prin delta 60 specii, în total 141 specii, ceea ce reprezinta 82% din avifauna acvatica europeana. Avifauna acvatica din Delta Dunarii este alcatuita dintr-un nucleu de specii vechi, bine adaptate la mediul acvatic, la care se adauga, speciile accesorii si speciile cosmopolite. Nucleul avifaunei este format din 75 specii a caror viata este legata de prezenta apei. Acestea se grupeaza în 5 tipuri ecologice principale : specii strâns legate de apa, strict stenotope (cufundari, corcodei, furtunari, pelicani, cormorani, unele anatide), specii de stufarii (toate speciile de paseriforme acvatice), specii de tarmuri (stârci, lopatari, tiganusi, unele anatide), specii de pajisti hidrofile cu vegetatie bogata continuate cu stufarii (ralide), specii de tarmuri marine (unele laride).
Multe specii, mai ales dintre rate, gâste, pescarusi, apar frecvent în diferiti biotopi. Speciile accesorii sunt cele care se integreaza secundar în avifauna acvatica, devenind din ce în ce mai numeroase pe masura transformarii ecosistemelor acvatice. Zavoaiele sunt populate de silvii, muscari, filomele, pitigoi, cinteze, la care se adauga, în timpul cuibaritului, rate, cormorani si stârci. In padurile de pe câmpurile marine Letea si Caraorman cuibaresc 64 specii tipice avifaunei padurilor nemorale (silvii, mierle, ciocanitori, macaleandru, pitigoi, graur, precum si codalbul (Haliaetus albicilla), gaia bruna, acvila pitica, vulturul pescar etc. Fazanul (Phasianus colchicus) a fost introdus prin colonizare populatia dezvoltându-se rapid. In pajistile de stepa nisipoasa sunt specifice potârnichea, prepelita, cicârliile, pasarea ogorului (Burchinus oedicnemus). In satele deltei, pe lânga gospodarii, sunt frecvente gugustiucul, vrabia de casa, rândunica, barza, lastunul. Coloniile de cuibarit.
O serie de specii acvatice se asociaza în timpul cuibaritului formând colonii care sunt aglomerari de cuiburi pe spatii, în general mici. Cauzele asocierii sunt legate de penuria suprafetelor de constructie a cuiburilor, precum si de avantajele oferite de prezenta unui numar mare de pasari în apararea cuiburilor cu oua sau pui. Coloniile de cuibarit au reprezentat dintodeauna atractia deltei. Miile de cuiburi construite pe crengile zavoaielor de salcie sau în stufarii, zgomotul infernal, atmosfera specifica altor ere geologice, zborul sagetator al miilor de pasari care îsi hranesc puii, transforma coloniile de pasari într-un rai nu numai al ornitologilor, dar si al oricarui iubitoar al naturii.
In Delta Dunarii sunt mai multe tipuri de colonii : de stârci, lopatari, tiganusi si cormorani, de pelicani si cormorani, de pescarusi, de avoazete si ciocântorsi, de chirighite, de chire. Colonia de pelicani din zona cu regim de protectie integrala Rosca-Buhaiova este cea mai mare din Europa si este un exemplu de colonie mixta*. Aici se asociaza mai multe mii de perechi de pelican comun, cu zeci, pana la sute de perechi de pelican cret si cormoran mare, într-un peisaj care de aminteste de Jurasic Park. Accesul în apropierea coloniilor este permis numai specialistilor, care au autorizatii speciale obtinute de la ARBDD din Tulcea.